Todas as operações da Minerva Foods estão cobertas pelo Sistema de Gestão Ambiental (SGA), que gerencia os aspectos e impactos ambientais das atividades sobre os recursos naturais e a biodiversidade. A gestão ambiental inclui ações para prevenção, mitigação de impactos e melhoria contínua, abrangendo licenciamento, outorgas, investimentos e implantação de Planos de Gestão Ambiental (PGA) e de Resíduos Sólidos (PGRS).
Os temas ambientais seguem diretrizes da Política de Saúde, Segurança Ocupacional, Meio Ambiente, Segurança de Alimentos e Responsabilidade Social, promovendo a padronização em todas as unidades. As unidades de Barretos e José Bonifácio foram certificadas na ISO 14.001 e estão em andamento em outras, com foco na padronização de procedimentos.